En 1980 el Padre Pedro Arrupe, el General Superior de la Compañía de Jesús, fundó el Servicio Jesuita a Refugiados, apareciendo en los años siguientes el Servicio Jesuita a Migrantes, teniendo como misión servir, defender y acompañar a los refugiados y a las personas migrantes.
El Servicio Jesuita a Migrantes de Chile fue creado en 2000 bajo el nombre PIPA o Pastoral de Inmigrantes de Pedro Arrupe.
Fue un acto concreto el que motivó la aparición de PIPA. A fines de los años noventa aparecieron pintados grafitis anti-peruanos en la Plaza de Armas de Santiago. Un grupo de estudiantes universitarios se organizó para borrar estos pintados, y en su deseo de tener un mayor contacto con la población migrante, comenzó un trabajo de calle, yendo a la Plaza de Armas para buscar, junto con la población peruana, soluciones a los problemas principales de los migrantes.
Al comienzo, PIPA trabajó con las redes preexistentes en Chile, ayudando a los migrantes a acceder a la documentación y servicios básicos. La organización fue ampliando su campo de acción, a la vez que se incrementaba el número de voluntarios, hasta dar el paso de la profesionalización. Y así, habiendo asistido a un encuentro en Chile de la red sur del SJM Y SJR, PIPA decidió en 2008 convertirse en SJM. En 2010 el SJM Chile logra la personalidad jurídica que lo convierte en Fundación.
...hay en el fondo racismo que tratamos a veces de justificar como que nos quitan el empleo, cosa que no es verdad porque el extranjero migrante está tomando trabajos que el chileno no quiere tomar...es parte de lo que nos dice, en esta primera conversación el jesuita responsable en Chile de esta organización, Juan Cristobal Beytía,
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